(1)跨境巴士:配额共200个,另有200个配额给现时行走其他口岸的粤港跨境巴士转走大桥,每一配额可于每日营运来回班次各一次,跨境巴士在大桥口岸区域内不允许接载新的旅客。
(2)口岸穿梭巴士:繁忙时间为每5分钟一班,非繁忙时间为每10~15分钟一班,深夜时段为每15~30分钟一班。
(3)粤港、港澳跨境出租车:大桥开通首3年安排粤港、港澳跨境出租车配额共250个。每一配额可营运一辆跨境出租车,每日往来接送次数不限。
(4)粤港跨境货车:现时粤港跨境货车可以免办手续通过港珠澳大桥 (但不包括往来福田保税区的货车)。
(5)港澳跨境私家车:持配额的私家车可于有效期内多次进出港澳市区。